大余河流密布，纵横交错，以赣江支流－章水为主干流的章江流域，在境内有支流530条，河流总长2084.54公里，河流密度1.52公里/平方公里。章江发源于崇义县聂都乡的东山展脑和鲤鱼山中，自西向东贯穿全境流入南康市。按流域面积划分，有一级支流13条、二级支流27条、三级支流20条。水能资源丰沛，水能资源理论蕴藏量为12.38万千瓦，可利用水能5.26万千瓦。

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