明天启五年（1625）中进士，历任州府推官。后任南京职方主事，进郎中。明朝灭亡后，福王朱由崧于1644年5月在南京称帝，建立“南明”政权，万元吉随即擢太仆少卿，指挥抗清斗争。第二年，清军攻占南京，福王被俘。唐王朱聿键授万元吉兵部右侍郎兼右副都御史，总督江西、湖广诸军。清顺治三年（1646）清兵追逼，元吉由吉安入赣州时加兵部尚书。清兵乘胜占领赣州，元吉占败投水而死。时年四十四岁。

    万元吉擅于诗文，著有《墨山草堂诗文集》、《燕游记》、《寓永集》等。