据同治十一年《会昌县志》：会昌自汉至唐属于都县地，右称九州镇；北宋太平兴国八年（983年）始设县，适逢镇人凿井得砖十二块，砖上刻有“会昌”（唐武宗年号）篆字，故以“会昌”为县名。”元太德元年，会昌由县升为州，管辖会昌、瑞金两县。明洪武初年，将州返县，隶属赣州府至清。民国初年属赣南道。
1929年，毛泽东、朱德率红军来到会昌，建立了红色政权——中共筠门岭地下区委；1931年10月成立会昌县苏维埃政府和中共会昌县委员会；1932年7月，会昌、寻乌、安远三县联合成立中心县委；1933年2月在会昌县内设会昌、筠门岭、西江三县；1934年9月三县又全并为会昌县。
1949年会昌解放后至1955年属宁都行政公署；1956年至今属赣州专区（地区）、赣州市。1984年5月15日，设立小密乡、庄埠乡（赣府字[1984]112号）。1988年9月12日，撤销筠门岭乡、西江乡，设立筠门岭镇、西江镇（赣民函[1988]101号批复）。1995年9月29日，撤销周田乡、麻州乡、庄口乡，设立周田镇、麻州镇、庄口镇（赣民字[1995]185号批复）。1997年1月14日，撤销文武坝乡，设立文武坝镇（赣民字[1997]12号批复）。
2000年，全县辖7个镇、15个乡。根据第五次人口普查数据：全县总人口388115人；其中：湘江镇35490筠门岭镇27740西江镇41442周田镇46601麻州镇24158庄口镇20438文武坝镇26882长岭乡7758清溪乡4294右水乡14250高排乡11941晓龙乡12566珠兰乡14726洞头乡8541中村乡7108站塘乡14194永隆乡7429富城乡13597小密乡15770凤凰岽乡10147庄埠乡7768自鹅乡15275（人）。人口密度159.4人/平方千米。有畲、壮、回、苗、满、侗、傣和高山族等16个少数民族4950多人。
2001年10月22日，撤销湘江镇，划归文武坝镇（赣民字[2001]486号批复）。
2003年10月21日，撤销凤凰崠乡，分别划归西江镇、文武坝镇、庄口镇管辖；撤销长岭乡，成建制划归筠门岭镇管辖（赣民字[2003]272号批复）。2003年底，全县总人口43.39万人。2004年底，全县辖6镇13

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